La adaptación al anime comenzó más de un año y medio antes de que el manga hubiera sido terminado. Esto provocó notables diferencias en el argumento de ambos formatos, especialmente a partir del episodio 12 de la serie y el volumen 7 de la historieta. El anime ofrece un desenlace completamente diferente al del manga tras el enfrentamiento de Lucy y Mariko, en el que ésta y Kurama mueren, y se deja a la interpretación del espectador la supervivencia de Lucy mediante un final abierto. En el manga, en cambio, Kurama y Lucy sobreviven a dicho encuentro y, tras varios sucesos en los restantes volúmenes, queda perfectamente clara la muerte de la diclonius, quien ruega a Kōta que acabe con ella para evitar que siga matando a más gente.
A su vez, varios personajes secundarios son omitidos en el anime, como Nozomi o Anna Kakuzawa, entre otros. Asimismo, la caja de música que reproduce la melodía de «Lilium» es un elemento exclusivo del anime, así como la referencia al poema Elfenlied como origen del título de la obra sólo aparece en el manga.
En comparación con el manga, el anime presenta con menor profundidad la información sobre la mutación responsable de la raza de los diclonius y la motivación de las investigaciones sobre ellos, omitiendo escenas como la del profesor Kakuzawa en la que explica la condición de semi-diclonius de su familia o las de su padre en las que narra sus planes de sustitución de los seres humanos por los diclonius como especie dominante en el planeta.
Como detalle estético, en el anime todas las diclonius son representadas con el mismo color rosa de pelo, mientras que en el manga Lucy tiene el pelo rosa, Mariko, rubio, y Nana, morado oscuro. Por otro lado, el número y longitud de los vectores de cada diclonius difiere entre ambos formatos, creciendo incluso a lo largo del manga en el caso de Lucy.
-Manga:
El manga de Elfen Lied, creado por Lynn Okamoto, fue publicado entre junio de 2002 y agosto de 2005 en la revista semanal japonesa Young Jump; pocos meses después de su aparición, la editorial Shūeisha empezó a distribuirlo en tankōbon, quedando finalmente estructurado en 12 volúmenes con 107 capítulos en total.
Según el autor, Elfen Lied fue concebido originalmente como un manga de un par de volúmenes, aunque la aceptación obtenida por parte del público permitió extender notablemente la longitud de la historieta frente a sus expectativas iniciales.
A lo largo de los tres años que duró la publicación del manga se observa una evolución en el estilo de dibujo de Lynn Okamoto. En sus propias palabras, los primeros volúmenes están dibujados con un «estilo torpe e infantil», que llegaría a resultarle desagradable tras mejorar sus aptitudes, pese a «haber puesto todo su esfuerzo en dibujarlos».
En 2008 no se habían concedido licencias para la traducción oficial de dicho manga al inglés; en cambio, otras editoriales como Tokyopop Germany, Ever Glory Publishing Co., Ltd. o Grupo Editorial Vid, obtuvieron los derechos para su venta en alemán, chino y español, respectivamente.
-Anime:
El anime de Elfen Lied, dirigido por Mamoru Kanbe, animado por Arms y producido por las compañías japonesas GENCO y VAP, consta de trece episodios de unos veinticinco minutos cada uno. Del primer al undécimo episodio se sigue el canon de los seis primeros volúmenes del manga, adaptando buena parte de los sucesos acaecidos en los sesenta capítulos que los conforman. Los dos últimos episodios divergen de la historieta, ofreciendo un final alternativo para la serie.
Elfen Lied fue emitido en Japón por la cadena de televisión AT-X entre el 25 de julio y el 17 de octubre de 2004. ADV Films, la distribuidora oficial en Estados Unidos, anunció este anime como uno de sus «mejores superventas» y «más notables lanzamientos» del 2005.
En 2005 apareció una OVA de veinticuatro minutos ambientada entre los episodios décimo y undécimo, por lo que se la ha considerado el episodio 10,5. Fue incluida como episodio especial en el séptimo y último DVD de la colección sin haber sido emitida previamente en televisión. En ella se profundiza en algunos aspectos de la serie, como la relación entre Nyu y Nana o la captura de Lucy cuando era una niña, aunque no avanza en el argumento posterior al último episodio.
